Cara panen kenikir yang benar adalah dengan memetik pucuk batang beserta 2-3 ruas daun muda menggunakan tangan atau gunting bersih. Panen pucuk ini merangsang pertumbuhan cabang baru, sehingga Anda bisa memanen setiap 5-7 hari sekali selama 2-3 bulan. Jangan panen seluruh daun karena dapat melemahkan tanaman. Setiap tanaman bisa menghasilkan 100-200 gram daun segar per panen, tergantung varietas dan perawatan.
Untuk panen skala rumah tangga, cukup petik daun sesuai kebutuhan. Jika kenikir mulai berbunga, segera petik bunga untuk memperpanjang umur panen daun. Pada musim hujan (Oktober-April), kenikir lebih cepat tumbuh dan panen bisa lebih sering setiap 5 hari. Di musim kemarau (Mei-September), jarak panen menjadi 7-10 hari karena pertumbuhan melambat. Penyiraman rutin 2 kali sehari saat kemarau sangat dianjurkan.
Setelah dipanen, kenikir sebaiknya segera dicuci dan dikonsumsi. Untuk penyimpanan, bungkus daun dalam kain basah atau plastik berlubang lalu simpan di lemari es (suhu 5-10°C) agar tetap segar hingga 3-5 hari. Hindari menumpuk daun terlalu rapat karena bisa memicu pembusukan. Jika ingin menanam kembali, sisakan beberapa tanaman untuk dibiarkan berbunga dan menghasilkan biji untuk panen berikutnya.