Pemupukan kenikir cukup sederhana. Berikan pupuk kandang matang (2-3 kg/m2) atau kompos saat awal tanam. Setelah tanaman berumur 2 minggu, beri pupuk NPK 16-16-16 dengan dosis 5 gram per tanaman setiap 2 minggu sekali. Larutkan dalam air lalu siram ke media tanam. Hindari pupuk nitrogen berlebihan karena justru memicu pertumbuhan daun yang lemas dan mudah terserang hama. Jika menggunakan pupuk organik cair, semprot daun setiap 1-2 minggu pada pagi hari.
Penyiangan gulma dilakukan setiap 2 minggu agar nutrisi tidak terbagi. Pemangkasan pucuk (topping) saat tanaman setinggi 20 cm akan merangsang cabang samping sehingga panen lebih banyak. Panen pertama bisa dilakukan saat tanaman berumur 30-40 hari dengan memotong pucuk batang sepanjang 10-15 cm. Setelah itu, panen rutin setiap 7-10 hari. Jangan biarkan tanaman berbunga karena daun akan menjadi keras dan pahit. Segera buang kuncup bunga jika muncul.
Hama utama kenikir adalah kutu daun (Aphis gossypii) dan ulat grayak. Ciri kutu daun adalah koloni di pucuk daun muda yang mengeriting. Semprot dengan air sabun atau ekstrak bawang putih (5 siung/liter air) setiap 3 hari hingga bersih. Untuk ulat, petik manual atau gunakan Bacillus thuringiensis (Btk) sesuai label. Penyakit jamur seperti embun tepung muncul saat kelembaban tinggi. Atur jarak tanam (30x30 cm) dan jangan siram daun pada sore hari. Jika sudah terlanjur, buang daun terserang dan semprot fungisida berbahan aktif sulfur sesuai rekomendasi penyuluh setempat.