Ciri-ciri purwoceng siap panen adalah daun bagian bawah mulai menguning dan rontok, batang mulai mengering, serta akar telah membesar dengan diameter sekitar 1-2 cm. Panen sebaiknya dilakukan pada musim kemarau (April-September) untuk menghindari pembusukan akar akibat kelembaban tinggi. Di musim hujan, risiko akar busuk meningkat, sehingga panen harus lebih cepat atau dilakukan dengan drainase yang baik.
Cara panen yang benar: gali tanah di sekitar tanaman dengan cangkul atau garpu tanah hingga kedalaman 20-30 cm, lalu angkat tanaman secara perlahan agar akar tidak putus. Bersihkan tanah yang menempel dengan cara dicuci atau dikibaskan. Setelah itu, pisahkan akar dari batang dan daun. Akar kemudian dijemur di bawah sinar matahari langsung selama 3-5 hari hingga kering sempurna (kadar air <10%). Daun dapat dikeringkan secara terpisah dengan cara diangin-anginkan.
Hasil panen purwoceng segar rata-rata 0,5-1 kg per tanaman, atau sekitar 5-10 ton per hektar. Setelah dikeringkan, bobot akar menyusut hingga 70-80%. Simpan akar kering dalam wadah kedap udara di tempat sejuk dan kering. Untuk menjaga kualitas, hindari pencampuran dengan bahan lain dan lakukan sortasi sebelum penyimpanan. Panen berulang dapat dilakukan dengan menyisakan sebagian akar di tanah untuk pertumbuhan kembali, namun biasanya tanaman dibongkar total dan ditanam kembali.