Pada fase pembibitan (0-3 bulan), gunakan pupuk kandang matang (kotoran sapi atau ayam) sebanyak 1-2 kg per lubang tanam, dicampur dengan tanah. Setelah bibit berumur 3 bulan, berikan pupuk NPK organik (15-15-15) sebanyak 5-10 gram per tanaman setiap 2 bulan sekali. Pada musim hujan, kurangi dosis pupuk kimia karena risiko pencucian hara; tambahkan kompos 2-3 kg per tanaman setiap 4 bulan.
Memasuki fase vegetatif (3-12 bulan), pasak bumi membutuhkan lebih banyak nitrogen untuk pertumbuhan daun. Aplikasikan pupuk kandang 3-5 kg per tanaman setiap 6 bulan, ditambah pupuk organik cair dari fermentasi daun lamtoro atau urine sapi setiap 2 minggu sekali. Pada musim kemarau, tingkatkan frekuensi penyiraman setelah pemupukan agar nutrisi terserap optimal. Hindari pemupukan berlebihan karena dapat menyebabkan pertumbuhan daun berlebihan dan menghambat pembentukan akar.
Pada fase produksi akar (tahun ke-2 hingga panen), fokus pada pupuk kaya kalium dan fosfor untuk merangsang pertumbuhan akar. Berikan pupuk kandang 5-7 kg per tanaman setiap tahun, ditambah tepung tulang atau abu sekam 100-200 gram per tanaman setiap 6 bulan. Pemupukan terakhir dilakukan 1 bulan sebelum panen. Panen akar biasanya dilakukan pada tahun ke-3 atau ke-4, saat kadar senyawa aktif (eurycomanone) optimal.