Waktu panen ideal adalah saat tanaman berumur 4-5 tahun setelah tanam. Pada usia ini, akar sudah mencapai diameter 2-4 cm dan kandungan senyawa aktif seperti eurycomanone mulai optimal. Ciri fisik siap panen: daun bagian bawah mulai menguning dan rontok, batang kokoh, serta akar lateral sudah banyak. Panen sebaiknya dilakukan di awal musim kemarau (April-Juni) untuk memudahkan pengeringan.
Cara panen: gali tanah di sekitar pangkal batang dengan cangkul atau garpu tanah sedalam 30-50 cm secara hati-hati agar akar utama tidak putus. Cabut tanaman perlahan, lalu potong batang dan daun. Bersihkan akar dari tanah dengan air mengalir, jangan direndam lama. Akar kemudian diiris tipis (0,5-1 cm) melintang atau dibelah memanjang untuk mempercepat pengeringan.
Pengeringan dilakukan di bawah sinar matahari langsung selama 5-7 hari (kadar air <10%) atau menggunakan oven 50°C selama 48 jam. Simpan dalam wadah kedap udara di tempat sejuk dan kering. Akar kering berkualitas berwarna coklat kekuningan, berbau khas, dan tidak berjamur. Hasil panen per pohon sekitar 0,5-1 kg akar basah atau 150-300 gram akar kering.