Penggerek batang menyerang batang utama dengan membuat lubang gerekan dan meninggalkan serbuk gergaji di sekitar pangkal. Serangan berat menyebabkan batang berlubang dan mudah patah. Ulat pemakan daun menyerang daun muda hingga habis, sehingga pohon kehilangan daun dan pertumbuhan terhambat. Rayap menyerang akar dan pangkal batang, membuat pohon layu dan roboh.
Pengendalian hama gaharu harus dilakukan secara terpadu: (1) Sanitasi kebun dengan membersihkan sisa-sisa tanaman dan gulma secara rutin setiap 2 minggu. (2) Pemantauan rutin setiap minggu, terutama saat musim kemarau (Juni–September) untuk rayap. (3) Penggunaan musuh alami seperti semut rangrang untuk mengendalikan ulat daun, dan burung pemakan serangga. (4) Pemasangan perangkap lampu pada malam hari untuk menangkap ngengat penggerek.
Jika serangan sudah parah, lakukan injeksi pestisida nabati (misal ekstrak biji mimba atau sereh) ke dalam lubang gerekan menggunakan spuit, lalu tutup lubang dengan lilin. Untuk rayap, aplikasi nematoda entomopatogen (Steinernema sp.) pada tanah sekitar akar. Jangan gunakan pestisida kimia sintetis tanpa konsultasi karena dapat mengganggu pembentukan gubal. Segera laporkan ke BPP setempat jika serangan meluas.