Penyakit busuk akar biasanya muncul saat drainase buruk atau setelah hujan terus-menerus. Ciri khasnya: daun menguning dan layu mendadak, batang bawah dekat tanah menghitam dan lembek, akar berwarna cokelat kehitaman dan busuk. Jika tanaman dicabut, akar mudah putus dan berbau tidak sedap. Penyakit ini bisa menyebar melalui tanah dan sisa tanaman sakit. Untuk memastikan, periksa pangkal batang dan akar; jika terdapat miselium putih atau hitam, kemungkinan besar serangan jamur.
Penyakit bercak daun lebih mudah dikenali dari bercak-bercak kecil berwarna cokelat kehitaman pada daun, seringkali dengan tepi kuning. Bercak bisa bersatu membentuk area mati yang luas, menyebabkan daun gugur sebelum waktunya. Penyakit ini muncul terutama di musim hujan ketika daun basah dalam waktu lama. Serangan parah dapat menurunkan hasil getah gambir. Berbeda dengan busuk akar, tanaman masih bisa bertahan jika segera ditangani.
Pengobatan harus disesuaikan dengan penyebabnya. Untuk busuk akar, perbaiki drainase dengan membuat saluran air atau guludan tinggi. Cabut dan bakar tanaman yang terinfeksi parah, lalu beri kapur dolomit pada lubang tanam (100-200 gram per lubang) untuk menekan jamur. Untuk bercak daun, pangkas daun yang sakit dan kumpulkan untuk dibakar. Semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai dosis pada label, dengan interval 7-10 hari. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi fungisida spesifik yang terdaftar.