Sebelum panen, lakukan uji tusuk menggunakan bor kecil (diameter 5 mm) pada batang di beberapa titik. Jika tercium aroma harum dan keluar resin berwarna hitam kecokelatan, berarti pohon siap panen. Tanda lain adalah perubahan warna kulit menjadi lebih gelap dan retak-retak di sekitar lubang inokulasi. Jangan panen jika resin masih berwarna putih atau kekuningan, karena kualitas rendah dan harga jatuh. Pastikan juga pohon tidak dalam kondisi stres akibat kekeringan ekstrem atau serangan hama.
Teknik panen dimulai dengan menebang pohon setinggi 20-30 cm dari permukaan tanah menggunakan gergaji mesin. Potong batang dan cabang utama, lalu kupas kulit kayu. Identifikasi bagian yang mengandung resin: gubal (hitam pekat, keras), kemedangan (cokelat, agak lunak), dan abu (remah). Pisahkan berdasarkan warna dan aroma. Gubal kualitas super dijual Rp 5-20 juta/kg, kemedangan Rp 500 ribu-2 juta/kg, dan abu Rp 50-200 ribu/kg. Setelah dipisahkan, jemur di bawah sinar matahari langsung selama 3-5 hari hingga kadar air <12%, lalu simpan di tempat kering dan sejuk.
Pasca panen, lakukan regenerasi lahan dengan menanam bibit gaharu baru atau tanaman sela seperti nilam atau jahe. Jika pohon masih hidup dan belum menghasilkan resin optimal, Anda bisa melakukan inokulasi ulang dengan fusarium sp. atau teknik bor tekan. Namun, pastikan konsultasi dengan penyuluh BPP setempat untuk mendapatkan bibit inokulan yang tepat. Panen berulang pada pohon yang sama bisa dilakukan 2-3 tahun kemudian jika masih menghasilkan resin. Catat hasil panen dan evaluasi untuk perbaikan teknik budidaya berikutnya.