Pupuk organik sangat dianjurkan untuk menjaga kesuburan tanah. Berikan pupuk kandang (kotoran sapi atau ayam) sebanyak 5-10 kg per rumpun setiap 6 bulan sekali, idealnya diawal musim hujan (Oktober) dan awal musim kemarau (April). Kompos dari sisa panen abaka (daun dan pelepah) juga bisa diaplikasikan 3-5 kg per rumpun. Pupuk organik memperbaiki struktur tanah dan menyediakan unsur mikro.
Unsur hara mikro seperti magnesium (Mg) dan seng (Zn) penting untuk mencegah daun menguning dan pertumbuhan terhambat. Jika tanah berpasir atau curah hujan tinggi, semprotkan pupuk daun yang mengandung Mg dan Zn setiap 3 bulan sekali. Untuk lahan dengan pH <5,5, lakukan pengapuran dengan dolomit 1-2 ton per hektar setahun sekali, karena abaka toleran terhadap tanah masam namun tetap membutuhkan kalsium dan magnesium yang cukup.
Pemupukan sebaiknya dilakukan dengan cara ditabur melingkar di sekitar rumpun dengan jarak 30 cm dari batang, lalu ditutup tipis dengan tanah. Hindari pemupukan saat hujan deras untuk mengurangi kehilangan nitrogen. Untuk lahan miring, buat rorak (saluran kecil) di sekeliling rumpun agar pupuk tidak terbawa erosi. Setelah pemupukan, siram dengan air secukupnya jika tidak turun hujan dalam 2 hari.