Pemupukan dasar dilakukan saat tanam dengan mencampurkan pupuk organik (10-20 ton/ha) dan sebagian pupuk NPK. Pupuk organik seperti kompos atau pupuk kandang dapat meningkatkan kapasitas tanah menahan air dan unsur hara. Pada musim hujan, sebagian pupuk N sebaiknya diberikan bertahap karena mudah tercuci. Pemupukan susulan pertama diberikan pada umur 15-20 HST dengan 1/3 dosis N dan seluruh dosis P. Pemupukan susulan kedua pada umur 40-45 HST dengan sisa N dan seluruh dosis K.
Untuk lahan dengan pH rendah (masam), perlu pengapuran dengan dolomit 1-2 ton/ha 2 minggu sebelum tanam. Pada tanah berpasir, frekuensi pemupukan ditingkatkan dengan dosis lebih kecil untuk mengurangi pencucian. Pemupukan melalui daun (pupuk cair) dapat diberikan pada fase pertumbuhan cepat untuk mengatasi defisiensi mikro, terutama Zn dan B, dengan konsentrasi sesuai label. Hindari pemupukan berlebihan karena dapat menyebabkan pertumbuhan vegetatif berlebihan dan rebah.
Pemupukan kenaf juga perlu disesuaikan dengan sistem tanam: monokultur atau tumpangsari. Pada tumpangsari dengan jagung atau kacang-kacangan, dosis pupuk disesuaikan dengan kebutuhan kedua tanaman. Penggunaan pupuk hayati seperti mikoriza dapat membantu meningkatkan serapan P pada tanah miskin. Setelah panen, sisa tanaman dikembalikan ke tanah sebagai mulsa atau kompos untuk menjaga kesuburan. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi spesifik lokasi.