Penyakit busuk batang (Phytophthora spp.) menyerang batang sagu, ditandai dengan batang berlubang, mengeluarkan cairan coklat kehitaman, dan daun menguning. Penyakit ini menyebar melalui air dan alat panen. Langkah pencegahan meliputi pemilihan bibit sehat, drainase baik, dan sterilisasi alat panen dengan alkohol 70%.
Penyakit bercak daun (Helminthosporium spp.) menyebabkan bercak coklat tidak beraturan pada daun, lalu mengering. Serangan berat mengurangi fotosintesis. Pengendalian dengan pemangkasan daun terserang dan jarak tanam tidak rapat untuk sirkulasi udara. Pupuk kalium dapat meningkatkan ketahanan tanaman.
Penyakit akar (Ganoderma spp.) ditandai dengan pertumbuhan lambat, daun layu, dan munculnya jamur mirip cendawan di pangkal batang. Penyakit ini sulit dikendalikan. Pencegahan utama adalah menghindari genangan air dan menanam di lahan yang sebelumnya tidak ditanami sagu. Tanaman terserang parah sebaiknya dimusnahkan.