Ciri pohon sagu siap panen: tinggi batang mencapai 8–15 meter, diameter batang 40–70 cm, dan munculnya infloresensi (bunga) di pucuk. Jika pohon sudah berbunga, pati akan segera berkurang karena dialihkan ke pembentukan buah. Oleh karena itu, panen harus dilakukan segera setelah bunga muncul, maksimal 1–2 bulan setelah itu. Di lahan gambut atau rawa, sagu bisa lebih cepat masak (8–10 tahun), sedangkan di lahan kering bisa lebih lambat (10–12 tahun).
Teknik panen: tebang pohon dengan gergaji atau parang pada ketinggian 20–30 cm dari permukaan tanah. Setelah rebah, potong batang menjadi ruas-ruas sepanjang 1–1,5 meter untuk memudahkan pengangkutan. Belah batang memanjang, lalu kerok empulur (bagian dalam batang) menggunakan alat tradisional seperti 'pengerok' atau mesin parut. Empulur kemudian dicampur air dan diperas untuk memisahkan pati. Air pati ditampung, diendapkan selama 6–12 jam, lalu dijemur hingga kering. Satu pohon menghasilkan 15–25 kg pati kering siap jual.
Waktu panen terbaik adalah pada musim kemarau (April–Oktober di Indonesia Timur) untuk memudahkan proses pengeringan pati. Hindari panen saat hujan deras karena pati sulit kering dan berisiko berjamur. Setelah panen, lahan bekas sagu dapat ditanami kembali dengan anakan sagu atau tanaman sela seperti pisang atau ubi kayu. Pohon sagu hanya berproduksi sekali, sehingga peremajaan perlu dilakukan dengan menanam tunas baru dari anakan yang tumbuh di sekitar pohon induk.