Penggerek umbi (Cylas formicarius) menyerang umbi dengan cara membuat lubang kecil dan meninggalkan kotoran seperti serbuk gergaji. Umbi yang terserang menjadi pahit dan tidak layak konsumsi. Kumbang boleng menyerang umbi yang masih muda dengan menggerek permukaan, menyebabkan luka dan pembusukan sekunder. Sementara ulat grayak memakan daun hingga tinggal tulang daun, mengganggu fotosintesis dan pertumbuhan umbi.
Pengendalian hama ubi wilis sebaiknya dilakukan secara terpadu (PHT). Mulai dengan sanitasi lahan: bersihkan sisa tanaman dan gulma yang menjadi tempat berlindung hama. Lakukan rotasi tanaman dengan non-inang seperti padi atau jagung. Gunakan perangkap feromon untuk memantau populasi penggerek umbi. Jika serangan ringan, kumpulkan dan musnahkan hama secara manual. Untuk serangan berat, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat mengenai penggunaan pestisida nabati atau biopestisida.
Pencegahan lebih baik dengan menanam varietas tahan, mengatur jarak tanam (30x30 cm), dan pemupukan berimbang agar tanaman kuat. Pada musim kemarau, perhatikan kelembaban tanah dengan mulsa jerami untuk mengurangi serangan kumbang. Panen tepat waktu (8-10 bulan) juga mengurangi risiko hama. Jika ditemukan umbi terserang, segera pisahkan dan jangan dijadikan bibit.