Memasuki usia 3 tahun ke atas atau fase generatif, kebutuhan nutrisi sirsak bergeser ke unsur fosfor dan kalium untuk merangsang pembungaan dan pematangan buah. Aplikasikan pupuk kandang sebanyak 20-30 kg per pohon per tahun pada awal musim hujan. Tambahkan pupuk NPK dengan kandungan kalium lebih tinggi sebanyak 300-500 gram per pohon, yang dibagi menjadi 3 kali aplikasi dalam setahun pada awal, pertengahan, dan akhir musim hujan.
Pengaplikasian pupuk sirsak harus disesuaikan dengan pola iklim tropis di Indonesia. Pada musim hujan, pemupukan dilakukan di dalam parit melingkar seluas tajuk tanaman lalu ditutup kembali dengan tanah agar nutrisi tidak tercuci air hujan. Sebaliknya, saat memasuki puncak musim kemarau pada bulan Juli hingga Agustus, kurangi pemberian pupuk kimia padat dan tingkatkan pemberian bahan organik berupa mulsa dedaunan kering atau jerami setebal 5-10 cm untuk memelihara kelembapan tanah.
Selain pupuk makro, sirsak memerlukan unsur hara mikro seperti kalsium dan boron untuk mencegah kerontokan bunga serta pembusukan ujung buah. Berikan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 1-2 kg per pohon jika tingkat keasaman tanah (pH) berada di bawah 5,5, dilakukan 1 bulan sebelum pemupukan rutin. Pengocoran larutan asam humat atau pupuk hayati dapat dilakukan 2 bulan sekali pada masa pembesaran buah untuk meningkatkan bobot dan rasa manis buah sirsak.