Penyakit utama yang paling sering merusak sirsak pada musim hujan adalah antraknosa yang disebabkan oleh jamur Colletotrichum gloeosporioides. Gejalanya ditandai dengan munculnya bercak-bercak cokelat kehitaman pada daun muda, bunga, hingga buah sirsak yang sedang berkembang. Pengamatan rutin minimal 2 kali seminggu sangat dianjurkan agar infeksi awal pada buah muda berdiameter 3 hingga 5 sentimeter dapat segera terdeteksi sebelum meluas ke seluruh area pertanaman.
Pengendalian penyakit sirsak berbasis agronomi berfokus pada perbaikan sirkulasi udara dan pengurangan kelembapan di sekitar pohon. Pemangkasan cabang yang tidak produktif serta pengurangan 20 hingga 30 persen bagian dalam tajuk efektif menekan perkembangan spora jamur. Selain itu, pembuatan parit drainase selebar 40 sentimeter dan kedalaman 30 cm di sekeliling piringan pohon mencegah terjadinya genangan air yang memicu serangan busuk akar Phytophthora.
Untuk tindakan pengobatan secara alami, penyemprotan biopestisida berbahan dasar minyak mimba atau ekstrak daun pepaya dapat diterapkan setiap 7 hari sekali selama musim hujan berlangsung. Jika tingkat serangan penyakit antraknosa sudah melebihi 15 persen dari total populasi pohon, penggunaan fungisida teknis dapat dipertimbangkan. Selalu konsultasikan pemilihan jenis bahan aktif fungisida yang tepat kepada petugas Penyuluh Pertanian Lapangan (PPL) setempat.