Hama yang paling sering menggejala pada tajuk kecapi adalah tungau bisul daun (Eriophyes sandorici). Serangga mikroskopis ini menyerang jaringan pucuk daun muda sehingga membentuk benjolan abnormal atau bisul bergelombang pada permukaan atas daun. Pada intensitas serangan berat, daun akan mengkerut, proses fotosintesis terganggu, dan pertumbuhan vegetatif tanaman terhenti. Pemantauan rutin setiap 7 hari sekali pada tunas baru sangat penting dilakukan untuk mendeteksi gejalanya secara dini.
Saat memasuki musim berbuah utama antara bulan Oktober hingga Februari, ancaman terbesar beralih pada lalat buah. Lalat betina menusuk kulit buah kecapi muda untuk meletakkan telur, yang kemudian menetas menjadi larva pemakan daging buah di dalam. Kondisi ini menyebabkan buah berbelatung, membusuk sebelum matang, dan gugur prematur ke tanah. Sanitasi kebun dengan memusnahkan buah yang jatuh wajib diterapkan minimal 2 kali seminggu untuk memutus siklus hidup hama tersebut.
Penerapan Sistem Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi kunci utama dalam menjaga produktivitas kecapi sepanjang tahun. Lakukan pemangkasan tajuk setiap 3 hingga 4 bulan sekali untuk menjaga sirkulasi udara dan penetrasi cahaya matahari ke interior pohon. Selain itu, pembungkusan buah kecapi saat berukuran diameter 3 sentimeter menggunakan bahan berserat terbukti sangat efektif mencegah sengatan lalat buah tanpa merusak perkembangan alami buah.