Hama pengisap seperti kutu kebul dan kutu daun sering melonjak populasinya pada musim kemarau saat suhu udara berkisar 28 hingga 34 derajat Celsius. Serangga kecil ini mengisap cairan daun muda dan memicu timbulnya embun jelaga, sehingga proses fotosintesis terganggu. Lakukan pengamatan kebun minimal 2 kali seminggu dan bersihkan gulma di radius 1 meter dari pangkal batang untuk menekan sarang hama.
Memasuki musim hujan, ancaman bergeser ke hama pemakan dan penggerek seperti ulat buah dan lalat buah. Lalat buah betina menyuntikkan telur ke dalam buah muda, menyebabkan buah membusuk dan gugur sebelum masak, sedangkan ulat merusak daun serta melubangi pembungkus kelopak ciplukan. Kumpulkan dan bakar atau kubur buah yang gugur setiap 2 hari sekali agar daur hidup hama terputus.
Pengendalian Hama Terpadu (PHT) merupakan pendekatan terbaik bagi petani dan pekebun rumahan dalam menjaga produktivitas ciplukan. Kombinasikan pemasangan 10 hingga 15 lembar perangkap kuning berperekat per hektar dengan penyemprotan ekstrak daun mimba atau tembakau setiap 5 sampai 7 hari sekali. Apabila serangan melampaui ambang ekonomi, konsultasikan penggunaan bahan aktif kimiawi kepada penyuluh pertanian setempat.