Penyakit yang paling sering ditemui pada tanaman zaitun rumahan maupun perkebunan di Indonesia adalah bercak daun mata merak dan antraknosa. Infeksi jamur ini umumnya meluas ketika intensitas hujan tinggi dan sirkulasi udara di sekitar tajuk tanaman tersumbat oleh dahan yang terlalu rapat, sehingga daun tidak cepat kering setelah terkena air hujan.
Selain masalah pada daun dan buah, sistem perakaran zaitun sangat rentan terhadap pembusukan jika ditanam pada tanah liat yang menampung air. Penyiraman rutin 2 kali sehari pada musim hujan sering kali menjadi kesalahan fatal yang memicu serangan cendawan tanah, mengakibatkan daun menguning secara mendadak lalu gugur dalam kurun waktu kurang dari 2 minggu.
Langkah penanganan yang efektif berfokus pada pencegahan kelembapan berlebih melalui pemangkasan rutin sebesar 20 hingga 30 persen bagian dalam tajuk tanaman setiap awal musim kemarau. Pengangkatan daun gugur di sekitar area piringan pohon secara berkala setiap seminggu sekali juga sangat krusial untuk memutus siklus hidup патоgen di dalam tanah.