Penyebab paling sering di iklim tropis adalah penyiraman berlebihan (overwatering) dan drainase pot yang tersumbat, terutama saat memasuki puncak musim hujan antara bulan November hingga Maret. Akar zaitun sangat rentan terhadap kondisi tergenang yang memicu pembusukan akar (root rot), sehingga daun tua di bagian bawah akan berubah kuning pucat lalu gugur secara masal. Penanganan awal dilakukan dengan mengurangi frekuensi penyiraman menjadi 3 sampai 5 hari sekali dan memastikan lubang drainase pot berfungsi sempurna.
Selain faktor air, defisiensi hara mikro dan makro seperti Nitrogen (N) dan Besi (Fe) sering terjadi pada tanah lokal yang masam dengan pH di bawah 5,5. Kekurangan nitrogen ditandai dengan perubahan warna kuning merata pada daun tua, sedangkan defisiensi besi menyebabkan klorosis pada daun muda dengan tulang daun tetap hijau. Pemberian kompos matang sebanyak 2 sampai 3 kg per tanaman setiap 3 bulan sekali atau kapur pertanian sebanyak 100 sampai 200 gram per pot dapat menstabilkan pH tanah menuju ideal, yaitu 6,5 hingga 8,0.
Serangan penyakit jamur bercak daun juga kerap melanda saat musim pancaroba akibat sirkulasi udara yang buruk di sekitar tajuk tanaman. Pemangkasan rutin sebesar 15 sampai 20 persen pada cabang yang terlalu rapat setiap awal musim kemarau di bulan April sangat dianjurkan untuk meningkatkan penetrasi sinar matahari. Dengan menjaga kelembapan media dan pola pemupukan teratur, pohon zaitun dapat kembali memproduksi tunas hijau yang sehat dan tumbuh optimal di Indonesia.