Pemberian pupuk organik dasar dilakukan secara berkala baik pada musim hujan maupun musim kemarau. Pupuk kompos atau pupuk kandang yang telah matang sempurna diberikan sebanyak 10 hingga 15 kg per pohon setiap 4 bulan sekali dengan cara ditugal di bawah tajuk luar. Pada awal musim hujan sekitar bulan Oktober atau November, aplikasi pupuk organik sangat penting untuk membenahi struktur tanah dan meningkatkan kapasitas tahan air. Memasuki musim kemarau pada bulan Mei hingga Agustus, pemberian pupuk organik cair hayati sebanyak 2 hingga 3 liter per pohon setiap 2 minggu membantu menjaga kelembapan serta kehidupan mikroorganisme tanah.
Memasuki fase generatif saat tanaman berumur di atas 6 bulan, fokus pemupukan dialihkan untuk merangsang pembentukan bunga dan buah. Aplikasikan pupuk NPK seimbang dengan takaran 100 hingga 150 gram per pohon setiap 1 sampai 2 bulan sekali pada kondisi tanah yang lembap. Untuk mencegah kerontokan calon buah dan memicu rasa buah yang lebih manis, tambahkan pupuk yang kaya unsur Kalium serta mikro Boron sebanyak 50 gram per pohon menjelang puncak musim berbunga.
Pemeliharaan kualitas tanah dan pemantauan pH tanah juga menjadi kunci keberhasilan pemupukan kersen. Kersen tumbuh optimal pada pH tanah berkisar 6,0 hingga 7,0. Jika tanah terlalu asam akibat tingginya curah hujan di wilayah seperti Jawa atau Sumatera, taburkan kapur pertanian atau dolomit sebanyak 500 gram hingga 1 kg per pohon di sekitar piringan tanah setahun sekali. Hindari pemberian pupuk kimia secara berlebihan karena dapat menyebabkan penumpukan garam yang membuat ujung daun kersen menguning dan mengering.