Bercak daun yang disebabkan oleh infeksi jamur Cercospora sp. merupakan penyakit kersen yang paling umum ditemukan di berbagai daerah. Gejala diawali dengan munculnya bintik-bintik kecil berwarna cokelat tua dengan lingkaran kuning di sekelilingnya pada daun bagian bawah. Jika tidak ditangani dalam kurun waktu 14 hari, bercak ini menyatu dan menyebabkan daun mengering serta gugur sebelum waktunya. Selain bercak daun, penyakit busuk akar akibat Phytophthora sp. juga sering mengintai tanaman kersen yang ditanam di tanah dengan drainase buruk saat curah hujan tinggi.
Pengendalian penyakit kersen membutuhkan kombinasi sanitasi lingkungan dan tindakan pemangkasan rutin setiap 3 sampai 4 bulan sekali. Pemangkasan cabang yang terlalu rapat akan membuka akses sinar matahari langsung ke bagian dalam tajuk, sehingga mengurangi kelembapan mikro yang disukai spora jamur. Penggunaan agens hayati seperti Trichoderma sp. yang diaplikasikan ke sekitar zona perakaran sebanyak 50 hingga 100 gram per pohon setiap awal musim hujan proved efektif menekan perkembangan patogen tular tanah.
Untuk menjaga produktivitas kersen berkisar 5 sampai 10 kg buah per pohon per tahun, penyiraman dan pemupukan harus disesuaikan dengan musim. Pada musim kemarau, berikan pemupukan bahan organik matang sebanyak 5 hingga 10 kg per lubang tanam untuk memperkuat daya tahan alami tanaman. Jika terjadi serangan penyakit yang parah, tindakan korektif dengan fungisida terdaftar harus dilakukan sesuai panduan teknis agar tidak merusak ekosistem sekitar dan menjaga keamanan konsumsi buah kersen.