Hama penggerek buah menjadi ancaman paling serius yang sanggup menggagalkan panen hingga 60 persen jika tidak ditangani dengan benar. Serangga betina meletakkan telur pada celah kulit buah muda, lalu larvanya menggerek masuk dan memakan daging serta biji lai. Pengendalian secara fisik dilakukan dengan membungkus buah menggunakan kantong jaring halus pada 30 sampai 40 hari setelah bunga mekar sempurna.
Selain buah, bagian batang dan dahan pohon lai sering menjadi sasaran hama penggerek batang. Larva hama ini membuat lubang berdiameter 0,5 sampai 1 sentimeter dan mengeluarkan kotoran berupa serbuk kayu basah yang menumpuk di pangkal pohon. Pembersihan mekanis menggunakan kawat lentur untuk menusuk larva di dalam lubang, diikuti pemangkasan rutin cabang mati setiap 3 bulan, sangat ampuh menekan kerusakan.
Penerapan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) secara konsisten sepanjang tahun akan menjaga kebun lai tetap produktif dan sehat. Langkah ini mencakup sanitasi lahan dengan membersihkan gulma dalam radius 2 meter dari batang utama setiap 30 hari, pemasangan perangkap pelekat kuning sebanyak 10 hingga 15 buah per hektar saat pembungaan, serta konsultasi berkala dengan BPP setempat untuk penggunaan agens hayati.