Pemupukan dasar dilakukan saat tanam dengan mencampurkan pupuk kandang atau kompos ke dalam lubang tanam. Takaran yang dianjurkan adalah 1-2 kg pupuk kandang per lubang tanam untuk lahan, atau 0,5-1 kg per polybag (diameter 30 cm). Pupuk kandang yang sudah matang (kotoran sapi atau ayam) lebih baik karena tidak membakar akar. Jika menggunakan pupuk kimia, aplikasikan pupuk NPK 16-16-16 sebanyak 5-10 gram per tanaman setiap 2 minggu, tetapi pastikan tidak mengenai batang atau daun. Alternatif organik seperti pupuk cair dari fermentasi urine sapi atau air cucian beras bisa diberikan setiap minggu.
Pemupukan susulan dilakukan setiap 2-3 minggu sekali setelah tanaman berumur 1 bulan. Untuk pertumbuhan daun, gunakan pupuk dengan kandungan nitrogen tinggi, seperti urea (45% N) dengan dosis 2-3 gram per tanaman, atau NPK 15-15-15 sebanyak 5 gram per tanaman. Aplikasikan dengan cara dikocor (dilarutkan dalam air) atau ditabur di sekeliling tanaman lalu ditutup tipis tanah. Pada musim hujan, kurangi dosis pupuk karena leaching (pencucian) tinggi, sedangkan pada musim kemarau tingkatkan frekuensi penyiraman agar pupuk terserap optimal. Jangan lupa untuk melakukan penyiangan gulma agar pupuk tidak terbagi dengan tanaman liar.
Tanda kekurangan hara pada mangkokan: daun menguning (kekurangan N), tepi daun coklat (kekurangan K), atau daun keriput (kekurangan Mg). Jika terjadi, segera berikan pupuk sesuai gejala. Kelebihan pupuk juga berbahaya: daun hangus, layu, atau pertumbuhan terhambat. Untuk menghindari overfertilizing, ikuti dosis yang dianjurkan pada label pupuk. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat jika ragu. Dengan pemupukan yang tepat, mangkokan dapat dipanen daunnya setiap 2-3 minggu sekali, dan tanaman bisa produktif hingga 1-2 tahun.