Cara memanen: gunakan gunting atau pisau tajam yang bersih. Potong ranting daun (20–30 cm dari ujung) yang masih hijau dan lunak, hindari ranting tua yang keras. Untuk panen polong muda, petik saat polong masih hijau dan lunak (panjang 15–25 cm), biasanya 55–65 hari setelah bunga mekar. Polong tua untuk biji dipanen setelah polong mengering dan berwarna coklat kehitaman. Jangan memanen lebih dari 50% daun per pohon dalam satu kali panen agar tanaman tidak stres.
Di Indonesia, kelor bisa dipanen sepanjang tahun, namun produksi daun paling melimpah di musim hujan (November–April). Pada musim kemarau, intensitas panen dikurangi menjadi setiap 4–5 minggu karena pertumbuhan lebih lambat. Untuk pekebun rumahan, cukup petik sesuai kebutuhan: ambil 3–5 pucuk daun per pohon setiap minggu. Pastikan menyisakan minimal 4–5 cabang utama untuk fotosintesis. Setelah 2–3 tahun, lakukan pemangkasan berat (50–70 cm dari tanah) untuk meremajakan tanaman.
Hasil panen daun kelor harus segera diolah atau disimpan dalam kulkas (suhu 4–8°C) dalam wadah tertutup, bisa bertahan 3–5 hari. Untuk penyimpanan lebih lama, keringkan daun di tempat teduh selama 2–3 hari lalu simpan dalam stoples kedap udara. Polong muda bisa disimpan di kulkas 5–7 hari. Hindari mencuci daun sebelum disimpan karena mempercepat pembusukan. Catat jadwal panen untuk rotasi tanaman yang teratur.