Pada musim kemarau, kurangi frekuensi pemupukan menjadi sekali sebulan karena pertumbuhan melambat. Sebaliknya, di musim hujan, pemupukan bisa ditingkatkan menjadi setiap 1,5 bulan sekali karena nutrisi cepat tercuci. Hindari pemupukan saat hujan deras untuk mencegah kehilangan unsur hara. Aplikasikan pupuk dengan cara dikocor atau ditabur melingkar di sekitar batang, lalu tutup tipis dengan tanah. Pastikan tanah tetap gembur dan tidak tergenang.
Untuk tanaman kelor dalam pot, gunakan campuran tanah, kompos, dan sekam bakar (2:1:1). Berikan pupuk NPK 16-16-16 sebanyak 5-10 gram per pot setiap 2 bulan. Jika daun menguning, tambahkan pupuk urea atau ZA dosis rendah (1 gram per liter air) setiap 2 minggu sekali hingga hijau kembali. Perhatikan juga pH tanah ideal (6,0-7,0) dengan mengaplikasikan kapur dolomit 100 gram per m² setiap 6 bulan jika pH terlalu asam.
Pemupukan organik sangat dianjurkan untuk kelor karena daunnya dikonsumsi sebagai sayur. Gunakan pupuk hijau dari daun lamtoro atau gamal yang ditanam di sekitar pohon. Aplikasi pupuk kandang ayam atau sapi yang sudah matang sebanyak 2-3 kg per pohon setiap 3 bulan juga efektif. Jangan lupa untuk melakukan mulsa dengan jerami atau rumput kering untuk menjaga kelembaban dan mengurangi pencucian pupuk. Dengan pemupukan rutin, kelor bisa dipanen daunnya setiap 2-3 bulan sekali.