Penyakit yang paling umum pada kelor adalah bercak daun (Cercospora moricola dan Alternaria spp.), karat putih (Albugo moricola), dan busuk akar (Fusarium atau Rhizoctonia). Bercak daun ditandai bintik coklat kehitaman pada daun, karat putih berupa bercak putih seperti tepung di permukaan daun, dan busuk akar menyebabkan daun layu mendadak meski tanah lembab. Masing-masing memerlukan penanganan berbeda.
Untuk bercak daun dan karat putih, segera potong dan bakar bagian yang terinfeksi. Jangan menyiram daun dari atas, terutama sore hari. Beri jarak tanam minimal 2 meter antar pohon agar sirkulasi udara baik. Untuk busuk akar, perbaiki drainase tanah dengan membuat bedengan atau menanam di lahan miring. Hindari genangan air. Penggunaan fungisida berbahan aktif tembaga bisa membantu, tetapi konsultasikan dosis dengan penyuluh pertanian setempat.
Pencegahan lebih baik daripada mengobati. Pilih bibit kelor yang sehat dari sumber terpercaya. Lakukan pemangkasan rutin setiap 3 bulan untuk mengurangi kelembaban tajuk. Jika tanaman sudah parah, cabut dan bakar seluruh bagian. Jangan menanam kelor di lahan yang sama selama minimal 1 tahun untuk memutus siklus patogen. Dengan perawatan yang baik, kelor bisa tumbuh subur sepanjang tahun.