Pada fase vegetatif awal, yaitu usia 14 hingga 21 hari setelah tanam, kecipir membutuhkan dorongan nutrisi untuk memperkuat perakaran dan pertumbuhan batang. Pemberian pupuk hayati atau pupuk organik cair yang dikocorkan dengan interval 10 sampai 14 hari sekali sangat disarankan. Hindari pemberian pupuk bernitrogen tinggi secara berlebihan pada fase ini, karena dapat memicu pertumbuhan daun yang terlalu rimbun namun menekan pembentukan bakal bunga.
Memasuki fase generatif pada umur 45 hingga 60 hari setelah tanam, fokus pemupukan beralih pada peningkatan unsur hara fosfor dan kalium untuk merangsang pembungaan dan pemadatan polong. Pupuk susulan berupa pupuk majemuk berkadar kalium tinggi atau abu gosok dapat ditaburkan di sekeliling piringan tanaman setiap 2 minggu sekali. Pada saat musim hujan, pastikan pupuk dibenamkan tipis ke dalam tanah agar tidak hanyut terbawa aliran air hujan.
Selama periode panen berkala yang berlangsung setiap 3 hingga 4 hari sekali, kecipir membutuhkan asupan nutrisi pemeliharaan rutin. Pemupukan susulan ringan dengan pupuk organik cair atau pupuk kompos tambahan sebaiknya diberikan setiap 3 minggu sekali untuk menjaga ketahanan tanaman hingga umur produktif 6 bulan. Penyiraman yang cukup setelah pemupukan sangat penting, terutama saat memasuki musim kemarau, agar unsur hara dapat diserap sempurna oleh akar.