Serangan penyakit utama seperti karat daun dan embun jelaga kerap meningkat hingga dua kali lipat selama musim hujan dari bulan November hingga Maret. Indikasi awal berupa bintil oranye pada permukaan bawah daun atau lapisan hitam seperti jelaga pada daun tua, yang jika dibiarkan dapat menurunkan hasil panen polong muda hingga 40 persen.
Pengurangan kelembapan di sekitar tajuk tanaman dapat dilakukan melalui pemangkasan daun-daun bagian bawah hingga ketinggian 30 cm dari permukaan tanah. Selain itu, pembuatan bedengan setinggi 30 sampai 40 cm serta pemberian mulsa organik setebal 5 cm sangat efektif mencegah percikan air hujan yang membawa spora patogen tanah naik ke daun.
Pengamatan rutin setidaknya dua kali dalam seminggu sangat disarankan untuk memantau perkembangan gejala penyakit. Tanaman yang menunjukkan gejala layu fusarium atau kebusukan parah harus segera dicabut dan dimusnahkan jauh dari area kebun agar tidak menulari barisan tanaman kecipir yang masih sehat.