Fase pupuk dasar dilakukan 7 hingga 10 hari sebelum benih ditanam. Campurkan kompos atau pupuk kandang matang sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar (atau sekitar 1 hingga 1,5 kg per meter persegi) ke dalam bedengan. Jika pH tanah di bawah 6,0, taburkan kapur dolomit sebanyak 1,5 ton per hektar bersamaan dengan pemupukan dasar. Penambahan pupuk fosfat cair atau granul pada tahap ini sangat krusial untuk merangsang perakaran awal yang kuat.
Pemupukan susulan pertama diberikan saat tanaman berumur 10 hingga 14 hari setelah tanam (HST), yaitu ketika daun sejati pertama telah membuka sempurna. Berikan pupuk NPK berimbang dengan metode kocor atau ditugal berjarak 5 cm dari pangkal batang. Dosis yang cukup adalah sekitar 2 hingga 3 gram per tanaman. Pemupukan ini bertujuan mempercepat pertumbuhan vegetatif dan memperbanyak jumlah cabang utama tempat tumbuhnya polong.
Memasuki fase generatif pada umur 28 hingga 35 HST, alihkan fokus pemupukan ke unsur Kalium dan unsur mikro seperti Boron dan Kalsium. Pemupukan susulan kedua ini krusial dilakukan saat bakal bunga mulai bermunculan, baik di musim hujan maupun musim kemarau. Asupan Kalium tinggi memperkuat tangkai bunga, mencegah pembusukan polong muda, serta memastikan pengisian biji kacang merah menjadi padat dan berisi secara seragam.