Ancaman utama yang paling sering menggagalkan panen adalah penyakit antraknosa dan karat daun, yang mampu menurunkan hasil panen kacang merah hingga 50 sampai 80 persen jika tidak ditangani sejak dini. Penggunaan jarak tanam yang terlalu rapat, seperti kurang dari 15 sentimeter, membuat sirkulasi udara antar tanaman tersumbat dan menciptakan mikroiklim ideal bagi spora untuk berkecambah dalam waktu 12 jam.
Untuk meminimalkan serangan patogen tanah seperti Fusarium, pembedengan setinggi 30 hingga 40 sentimeter sangat dianjurkan agar air hujan langsung mengalir keluar dan tidak menggenangi perakaran. Rotasi tanaman dengan kelompok non-legum seperti jagung atau sorgum setiap dua musim sekali juga terbukti memutus siklus hidup cendawan merugikan yang bertahan di dalam tanah.
Pengendalian penyakit secara terpadu dapat dimulai dengan mengaplikasikan agens hayati Trichoderma sebanyak 10 hingga 20 gram per lubang tanam saat pemupukan dasar. Jika serangan jamur telah melebihi ambang batas ekonomi atau lebih dari 10 persen populasi menunjukkan gejala berat, lakukan tindakan kuratif dengan panduan teknis dari penyuluh pertanian lapangan setempat.