Penyebab utama penyakit zucchini meliputi jamur (Erysiphe cichoracearum untuk embun tepung, Phytophthora capsici untuk busuk buah) dan bakteri (Erwinia tracheiphila untuk layu). Faktor pemicu adalah kelembaban >80%, drainase buruk, serangan kumbang mentimun (vektor bakteri), dan jarak tanam terlalu rapat (<60 cm). Di lahan bekas tanaman labu-labuan, risiko infeksi lebih tinggi karena patogen bertahan di sisa tanaman.
Pengendalian dimulai dengan pencegahan: tanam varietas tahan (seperti ‘Black Beauty’ atau ‘Tivoli’), atur jarak tanam 60-80 cm, pasang mulsa plastik hitam untuk mengurangi percikan air, dan lakukan rotasi tanaman dengan kacang-kacangan minimal 2 tahun. Untuk embun tepung, semprot larutan baking soda (1 sdm per liter air) setiap 7 hari saat gejala awal. Busuk buah bisa dicegah dengan memangkas daun tua dan mengangkat buah dari tanah menggunakan jerami atau mulsa.
Jika penyakit sudah parah, segera buang tanaman terinfeksi (jangan kompos) untuk mengurangi sumber inokulum. Untuk layu bakteri, tidak ada obat kimia yang efektif; fokus pada pengendalian kumbang mentimun dengan perangkap kuning atau insektisida nabati seperti ekstrak daun mimba. Selalu konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk rekomendasi pestisida spesifik sesuai kondisi lapangan.