Penyakit yang paling sering merusak pertanaman temulawak adalah layu bakteri dan busuk rimpang pythium. Lahan dengan drainase buruk serta tekstur tanah liat berisiko tinggi mengalami kehilangan hasil hingga 60 persen jika genangan air dibiarkan menumpuk lebih dari 24 jam tanpa penanganan.
Untuk mencegah penyebaran infeksi, buatlah bedengan setinggi 30 sampai 40 cm dengan lebar 100 cm serta jarak antar bedengan 40 cm. Berikan agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 20 gram per lubang tanam atau perbaiki struktur tanah menggunakan pupuk kandang matang sebanyak 10 ton per hektar sebelum masa tanam.
Lakukan sanitasi lahan secara berkala dengan membuang daun terserang dan rotasi tanaman menggunakan komoditas non-inang seperti jagung atau kedelai selama 1 hingga 2 musim tanam. Langkah ini terbukti efektif menurunkan populasi patogen tular tanah yang mengendap di lahan temulawak.