Busuk akar disebabkan oleh jamur Phytophthora yang hidup di tanah. Gejala awal adalah daun menguning, layu, dan rontok meskipun tanah masih lembap. Batang dekat pangkal tampak kecokelatan dan lembek. Jika tanaman dicabut, akar berwarna hitam dan berlendir. Penyakit ini mematikan karena merusak sistem perakaran. Embun tepung ditandai dengan bercak putih tepung pada daun, terutama di permukaan atas. Daun menggulung, menguning, dan pertumbuhan terhambat. Penyakit ini menyebar melalui spora di udara dan sering muncul saat kelembapan tinggi (70–90%) dengan suhu 20–30°C.
Untuk mengobati busuk akar, segera kurangi penyiraman dan perbaiki drainase. Pindahkan tanaman ke media tanam porous seperti campuran pasir, sekam bakar, dan tanah dengan perbandingan 1:1:1. Potong akar yang busuk dan semprot fungisida berbahan aktif tembaga (baca label dosis). Untuk embun tepung, semprot larutan fungisida sulfur atau minyak neem setiap 7–10 hari. Alternatif organik: larutan baking soda 1 sendok teh per liter air ditambah 1 tetes sabun cuci piring, semprotkan setiap 3–4 hari selama 2 minggu. Jaga jarak antar tanaman 30–40 cm agar sirkulasi udara baik.
Pencegahan adalah kunci. Tanam rosemary di tempat terkena sinar matahari langsung minimal 6 jam sehari. Gunakan pot berlubang drainase dan jangan menyiram daun. Siram hanya saat tanah kering sentuh (kedalaman 2–3 cm). Di musim hujan, tempatkan tanaman di lokasi teduh hujan atau naikkan pot agar tidak tergenang. Jika serangan parah (tanaman layu permanen, akar hancur), segera musnahkan tanaman dan ganti media tanam. Jangan menanam rosemary di lahan bekas tanaman yang terserang busuk akar setidaknya 6 bulan.