Ulat daun biasanya menyerang pada malam hari dan meninggalkan bekas gigitan tidak beraturan di tepi daun. Ciri khasnya adalah daun berlubang dan adanya kotoran hitam kecil di permukaan daun. Kutu daun menyerang pucuk dan daun muda, menyebabkan daun mengeriting dan layu, serta sering diikuti oleh embun jelaga hitam. Tungau merah menyebabkan daun berbintik kuning atau perunggu, dan jika dibalik, terlihat sarang halus seperti jaring laba-laba di bawah daun.
Pengendalian hama kumis kucing sebaiknya dimulai dengan cara mekanis dan alami. Untuk ulat, kumpulkan dan musnahkan ulat serta telurnya setiap pagi. Semprotkan larutan daun mimba (1 kg daun mimba direndam 10 liter air semalam) setiap 3 hari sekali. Untuk kutu daun, semprot dengan larutan sabun colek (1 sendok makan sabun colek dilarutkan dalam 1 liter air) dan ulangi setiap 5 hari. Untuk tungau, semprot dengan air bertekanan tinggi untuk membasahi permukaan bawah daun, lalu gunakan larutan bawang putih (5 siung bawang putih dihaluskan, rendam 1 liter air, semprotkan setiap 3 hari).
Jika serangan sudah parah, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi pestisida nabati atau kimia yang tepat. Hindari penggunaan pestisida kimia secara berlebihan karena dapat membunuh musuh alami seperti kepik dan laba-laba. Rotasi tanaman dan pemangkasan daun tua secara rutin juga membantu mengurangi populasi hama. Jaga kebersihan lahan dari gulma yang menjadi inang alternatif hama.