Penyakit jamur upas dan kanker batang merupakan dua ancaman paling merusak pada tanaman kayu manis di musim hujan. Jamur upas ditandai dengan munculnya benang hifa berwarna putih kemerahan pada permukaan cabang yang menyebabkan kulit kayu membusuk dan mengelupas. Sementara itu, kanker batang akibat infeksi Phytophthora menyerang pangkal batang dengan gejala keluarnya cairan kehitaman dan daun menguning dari bawah ke atas secara bertahap.
Tindakan pencegahan terbaik dimulai dari pengaturan sanitasi dan kerapatan tanam ideal, yaitu jarak 2 x 2 meter hingga 3 x 3 meter untuk memastikan sirkulasi udara lancar. Pemangkasan pemeliharaan harus dilakukan setidaknya dua kali seminggu selama musim hujan untuk membuang tunas air dan cabang yang saling bersentuhan. Selain itu, parit drainase sejauh 50 sentimeter dari pangkal pohon dengan kedalaman 30 sentimeter wajib dibersihkan agar air tidak menggenang di area perakaran.
Pengobatan pada tanaman yang bergejala dilakukan dengan pengerokan bagian batang yang membusuk hingga jaringan sehat, kemudian dioleskan bahan pelindung atau agen hayati. Aplikasi agen hayati berbasis Trichoderma sp. pada media tanah sebanyak 100 gram per pohon dapat menekan populasi jamur patogen di dalam tanah secara alami. Lakukan pemeriksaan rutin setiap 7 hari sekali sepanjang musim hujan agar serangan dapat dideteksi sebelum meluas ke seluruh areal perkebunan.