Hama penggerek batang merupakan salah satu ancaman paling merusak pada tanaman kayu manis umur 2 hingga 10 tahun. Gejalanya ditandai dengan ditemukannya lubang berdiameter 3 hingga 5 milimeter pada batang utama disertai kotoran berupa serbuk kayu di dasar pohon. Serangan berat dapat menyebabkan batang patah saat diterpa angin kencang atau mati meranggas pada musim kemarau.
Selain penggerek batang, ulat pemakan daun seperti Cricula trifenestrata dan hama penggulung daun sering menyerang pucuk muda pada awal musim hujan. Serangan ulat daun yang masif sanggup menggunduli kanopi pohon seluas 1 hektar hanya dalam waktu kurang dari dua minggu. Hal ini menghambat proses fotosintesis dan memperlambat penebalan kulit batang kayu manis.
Pengendalian Hama Terpadu (PHT) harus diterapkan dengan memadukan pemangkasan sanitasi 2 kali setahun, pemasangan perangkap lampu untuk ngengat dewasa, serta penggunaan agen hayati. Sanitasi gulma di sekitar piringan pohon sejauh 1,5 meter dari pangkal batang wajib dilakukan secara berkala untuk memutus siklus hidup hama tanah dan serangga perusak.