Pada puncak musim hujan antara bulan November hingga Februari, tingginya curah hujan sering kali membuat tanah di sekitar perakaran gembili terlalu becek. Tanaman gembili membutuhkan tanah gembur dengan drainase yang sangat baik; genangan air selama lebih dari 24 jam dapat merusak perakaran muda. Kondisi basah yang berlebihan ini memicu pembusukan akar yang ditandai dengan perubahan warna daun dari hijau segar menjadi kuning layu secara bertahap mulai dari daun bagian bawah.
Selain faktor kelembapan tanah, kekurangan unsur hara hara makro seperti nitrogen dan kalium juga menjadi pemicu utama fenomena daun gembili kuning. Pada fase pertumbuhan aktif di bulan ke-3, sulur gembili membutuhkan pasokan nutrisi yang stabil. Pemberian pupuk organik terdekomposisi sempurna sebanyak 1 hingga 2 kilogram per lubang tanam serta pemupukan berimbang setiap 30 hari sekali sangat penting untuk menjaga daun tetap hijau dan mengoptimalkan pembentukan umbi di dalam tanah.
Pada musim kemarau antara bulan Mei hingga Agustus, ancaman utama bergeser ke serangan hama tungau merah dan infeksi jamur antraknosa. Kondisi udara yang kering dan panas mempercepat perkembangbiakan tungau di balik permukaan daun gembili, memicu klorosis atau perubahan warna daun menjadi kuning keperakan. Sanitasi lahan secara berkala dan pemberian jarak tanam minimal 80 x 50 centimeter sangat efektif untuk menjaga sirkulasi udara serta meminimalkan penyebaran penyakit antar tanaman.