Kerusakan akibat serangan hama pemakan daun seperti ulat grayak dan kumbang daun dapat mengurangi luasan fotosintesis hingga lebih dari 30 persen pada umur 3 sampai 5 bulan setelah tanam. Jika kerusakan tajuk melebihi batas kritis tersebut, potensi hasil panen umbi gembili dapat merosot hingga 40 persen. Oleh karena itu, pengamatan rutin pada area piringan tanaman seluas 1 meter persegi di sekeliling pangkal batang sangat dianjurkan.
Penerapan Pengendalian Hama Terpadu (PHT) menjadi langkah terbaik untuk menjaga kelestarian ekosistem tanah lahan gembili. Langkah ini meliputi rotasi tanaman dengan jenis legum setiap 1 hingga 2 musim tanam, pembersihan sisa-sisa tanaman musim sebelumnya, serta pemangkasan bagian daun yang terserang parah. Penggunaan perangkap warna kuning bertekstur lengket sebanyak 20 hingga 30 buah per hektar juga efektif menekan populasi serangga dewasa.
Selain hama di lapangan, gembili juga sering menghadapi ancaman hama pascapanen seperti kutu putih yang menyerang umbi di gudang penyimpanan. Penanganan dapat dilakukan dengan memilah umbi sehat saat panen pada umur 8 sampai 9 bulan, lalu menyimpannya di rak bambu berangin pada suhu ruangan 25 hingga 28 derajat Celsius. Hindari menumpuk umbi lebih dari 3 lapis agar sirkulasi udara tetap optimal dan mencegah perkembangan populasi hama.