Hama utama yang paling sering merusak polong asam jawa adalah kumbang biji (Caryedon serratus) dan kutu putih (Planococcus citri). Kumbang biji bertelur pada polong yang mulai matang di bulan Juli hingga September, lalu larvanya menggerek ke dalam biji hingga menyebabkan kerusakan fisik hingga 60 persen dari total panen. Sementara itu, kutu putih mengisap cairan daun muda dan tangkai buah, memicu timbulnya jamur embun jelaga yang menutupi permukaan daun.
Pengendalian hama asam jawa secara terpadu mengandalkan kombinasi kebersihan kebun dan penggunaan bahan hayati. Pembersihan piringan pohon dari polong busuk dan daun gugur harus dilakukan setiap 7 sampai 14 hari sekali agar tidak menjadi sarang perkembangbiakan larva. Aplikasi pestisida nabati dari ekstrak biji mimba atau sabun kalium dengan frekuensi penyemprotan 5 hingga 7 hari sekali efektif menekan populasi kutu tanpa membunuh predator alami.
Penanganan pascapanen juga menjadi kunci penting untuk mencegah kerusakan asam jawa di ruang penyimpanan. Polong yang baru dipanen harus dikeringkan di bawah sinar matahari langsung selama 3 sampai 5 hari hingga kadar airnya turun di bawah 10 persen. Penyimpanan buah dalam wadah tertutup rapat yang diberi daun mimba kering dapat menekan serangan hama gudang secara signifikan sepanjang tahun.