Waktu pemetikan buah kasturi sangat menentukan kualitas rasa manis dan pekatnya aroma buah. Buah siap dipetik pada kisaran umur 90 hingga 110 hari setelah fase mekar bunga penuh (antesis). Secara visual, tingkat kematangan ditandai dengan perubahan warna kulit buah dari hijau tua menjadi kehitaman atau keunguan, tekstur daging buah sedikit melunak saat ditekan perlahan, serta tercium aroma harum tajam bahkan dari jarak 1 hingga 2 meter dari pohon.
Teknik pemetikan buah kasturi wajib dilakukan dengan cermat agar tidak merusak tekstur kulit buah yang relatif tipis. Petani disarankan menggunakan galah yang dilengkapi kantong kain atau gunting pangkas buah jika tajuk terjangkau, dengan selalu menyisakan tangkai buah sepanjang 1 hingga 2 sentimeter. Menyisakan tangkai ini penting untuk mencegah keluarnya getah berlebihan yang dapat membakar kulit buah (latex burn) dan memicu penuangan infeksi jamur selama penyimpanan.
Waktu ideal untuk memanen buah kasturi adalah pada pagi hari pukul 07.00 hingga 10.00 WIB atau sore hari setelah pukul 15.30 WIB saat suhu udara stabil. Hindari pemetikan ketika hujan deras atau saat permukaan buah masih basah oleh embun pagi. Tingginya kelembapan pada kulit buah yang baru dipetik dapat meningkatkan risiko pembusukan pascapanen akibat serangan jamur hingga 30 persen saat proses penimbunan dan pengangkutan.