Gejala serangan penyakit pada kasturi umumnya terlihat pada penurunan produktivitas tanaman yang bisa mencapai 40 hingga 60 persen jika tidak ditangani. Penyakit antraknosa menyebabkan bercak hitam bersudut pada daun muda serta membuat bunga mengering dan gugur sebelum menjadi pentil buah. Sementara itu, serangan jamur upas ditandai dengan munculnya kerak berwarna merah jambu pada cabang atau ranting yang lambat laun membuat jaringan kayu mati membusuk.
Pencegahan dan pengendalian penyakit kasturi memerlukan pemeliharaan rutin yang konsisten sepanjang tahun. Penanaman sebaiknya menjaga jarak tanam minimal 8 x 8 meter agar sirkulasi udara di dalam kebun tetap lancar. Pemangkasan bentuk dan pemeliharaan dilakukan dua kali dalam setahun, yaitu sesudah masa panen pada bulan Januari dan menjelang musim hujan pada bulan September, guna memastikan sinar matahari dapat menembus bagian dalam kanopi tanaman.
Pengobatan tanaman yang terlanjur sakit dilakukan dengan kombinasi tindakan mekanis dan aplikasi bahan hayati. Pemberian pupuk hayati berbasis Trichoderma sp. sebanyak 100 hingga 200 gram per pohon yang dicampur dengan 20 kg pupuk kandang matang setiap 4 bulan sekali sangat efektif menekan perkembangan patogen tanah. Jika tingkat serangan patogen di atas kanopi sudah melebihi 15 persen dari total daun, pengaplikasian bahan pelindung tanaman berbasis tembaga dapat dilakukan sesuai instruksi kemasan.