Penyakit bercak daun Marssonina dan embun tepung merupakan dua gangguan utama yang sering menyerang daun muda dan tua. Gejala Marssonina ditandai dengan munculnya bercak cokelat kehitaman yang meluas hingga menyebabkan daun menguning dan gugur massal dalam waktu 14 hari. Sementara itu, embun tepung lebih sering muncul saat kelembapan tinggi di peralihan musim, melapisi tunas muda dengan lapisan putih menyerupai bedak yang menghambat fotosintesis.
Selain daun, bagian batang dan buah apel juga rentan terhadap infeksi jamur upas dan busuk buah Colletotrichum. Jamur upas menyerang kulit kayu batang utama dengan membentuk kerak berwarna merah jambu yang lambat laun mematikan cabang tanaman. Sanitasi kebun harus dilakukan setidaknya 2 kali seminggu dengan memangkas cabang terinfeksi sejauh 10 centimeter di bawah bagian yang sakit serta mengumpulkan sisa daun gugur untuk dibakar atau dikubur.
Pengendalian penyakit apel yang efektif menerapkan prinsip Pengendalian Hama Terpadu (PHT) dengan mengombinasikan tindakan mekanis, agronomis, dan hayati. Penggunaan agens hayati seperti Trichoderma sp. yang diaplikasikan ke tanah 1 bulan sekali dapat menekan perkembangan spora jamur di dalam tanah. Jika serangan jamur melewati ambang ekonomi, aplikasi fungisida hendaknya dilakukan berdasarkan petunjuk BPP setempat secara bijak.