Penyakit busuk pucuk yang disebabkan oleh jamur Phytophthora palmivora merupakan salah satu ancaman yang paling mematikan bagi kelapa pandan wangi. Gejalanya ditandai dengan perubahan warna daun janur muda menjadi kuning kecokelatan, meliuk, lalu membusuk dengan mengeluarkan aroma tidak sedap yang khas. Jika tidak ditangani dalam kurun waktu 7 hingga 14 hari sejak gejala awal muncul, titik tumbuh atau umbut tanaman dapat hancur total sehingga menyebabkan kematian tanaman secara permanen.
Selain busuk pucuk, penyakit bercak daun yang disebabkan oleh jamur Bipolaris incurvata juga sering meluas di area perkebunan dengan kerapatan tajuk tinggi. Gejala diawali dengan munculnya bintik-bintik cokelat kecil berukuran 2-5 milimeter yang dikelilingi lingkaran kuning pada permukaan pelepah daun tua. Pembentukan bercak ini dapat meluas dengan cepat dalam waktu 3 minggu jika kebersihan area piringan pohon tidak dijaga secara rutin setiap bulan.
Pengendalian penyakit kelapa pandan wangi memerlukan pendekatan terpadu yang berfokus pada perbaikan lingkungan tumbuh dan sanitasi lahan secara konsisten. Petani disarankan untuk membuat saluran drainase keliling sedalam 50 hingga 60 centimeter guna mencegah genangan air hujan di sekitar zona perakaran. Selain itu, pemberian bahan organik berupa kompos sebanyak 10 hingga 15 kilogram per pohon yang telah diperkaya agen antagonis Trichoderma sp. setiap 6 bulan sekali sangat efektif menekan perkembangan patogen tanah.