Pada fase vegetatif atau umur 1 hingga 2 tahun, pemberian pupuk lobi-lobi difokuskan pada pembentukan tajuk dan perakaran yang kuat. Berikan pupuk organik kaya nitrogen atau pupuk kandang sebanyak 250 gram hingga 500 gram per pohon setiap 3 bulan sekali. Penaburan pupuk dilakukan melingkar searah tajuk terluar tanaman dengan jarak sekitar 30 sampai 50 cm dari batang utama, diikuti penyiraman 5 liter air per pohon.
Memasuki umur 3 tahun ke atas, tanaman memasuki fase generatif dan memerlukan suplai fosfor serta kalium yang lebih tinggi untuk merangsang pembungaan. Aplikasikan pupuk makro kaya fosfor dan kalium sebanyak 500 gram per pohon, diberikan 2 kali dalam setahun yaitu pada awal dan akhir musim hujan. Suplai hara ini mencegah kerontokan bunga serta meningkatkan kadar gula dan rasa asam manis yang khas pada buah lobi-lobi.
Penyesuaian pemupukan berdasarkan musim sangat menentukan produktivitas tanaman di iklim tropis. Saat musim hujan tiba, buat parit melingkar sedalam 10 cm untuk menimbun pupuk agar tidak terhanyut air hujan. Sebaliknya, pada musim kemarau, kurangi frekuensi pupuk anorganik dan perbanyak aplikasi mulsa organik setebal 5 sampai 10 cm di sekitar piringan pohon untuk menjaga kelembapan tanah.