Hama utama yang paling sering merusak buah lobi-lobi adalah lalat buah yang menyerang saat buah memasuki fase pematangan, tepatnya sekitar 50 hingga 60 hari setelah pembungaan. Lalat buah betina menusuk kulit buah untuk menaruh telur, yang kemudian menetas menjadi larva dan memakan daging buah dari dalam. Hal ini menyebabkan buah lobi-lobi prematur gugur dan membusuk di bawah pohon dalam hitungan hari.
Selain lalat buah, kelompok serangga pemisah cairan seperti kutu daun dan kutu perisai sering berkumpul di permukaan bawah daun muda saat musim kemarau. Serangga ini mengisap cairan sel tanaman dan mengeluarkan embun madu yang memancing tumbuhnya jamur embun jelaga berwarna hitam. Akibatnya, proses fotosintesis daun terganggu dan pertumbuhan tunas baru menjadi kerdil serta melengkung.
Pengendalian hama lobi-lobi secara ramah lingkungan dapat diterapkan melalui kombinasi pemangkasan sirkulasi udara setiap 3 bulan sekali dan sanitasi lahan seluas radius 5 meter di sekitar batang. Aplikasi pestisida nabati dari ekstrak daun mimba atau air rebusan tembakau yang disemprotkan secara berkala setiap 7 hari dapat menekan populasi hama tanpa merusak ekosistem serangga penyerbuk di kebun.