Gejala penyakit pada pohon bisbul sering diawali dengan kemunculan bintik cokelat kehitaman pada permukaan daun yang berbulu halus, diikuti dengan pembusukan buah menjelang panen. Jika penanganan terlambat, infeksi dapat meluas ke pangkal batang dan sistem perakaran, menyebabkan daun menguning secara mendadak lalu gugur massal dalam waktu 2 hingga 3 minggu.
Pengendalian penyakit bisbul memerlukan pendekatan terpadu yang memadukan teknik budidaya hayati dan pemeliharaan fisik. Pemangkasan bentuk dan pemangkasan pemeliharaan wajib dilakukan minimal 2 kali dalam setahun, yaitu pada awal musim kemarau bulan Mei dan menjelang musim hujan bulan Oktober, untuk menjaga sirkulasi udara di dalam tajuk pohon.
Selain pengaturan pemangkasan, pemberian pupuk organik yang diperkaya dengan agens hayati seperti Trichoderma sp. sebanyak 5 hingga 10 kilogram per pohon setiap 4 bulan sekali sangat efektif menekan perkembangan patogen tular tanah. Kombinasi drainase kebun yang baik setinggi 30 sentimeter dari permukaan tanah akan memastikan akar bisbul bebas dari genangan air pemicu kebusukan.