Dua penyakit utama yang kerap menyerang belimbing di musim hujan adalah antraknosa dan bercak daun cercospora. Antraknosa dapat menyebabkan penurunan hasil panen hingga 50 persen jika buah muda terinfeksi dan membusuk sebelum dapat dipanen, sementara serangan bercak daun menurunkan kapasitas fotosintesis tanaman secara drastis akibat gugurnya daun muda secara prematur.
Pengendalian penyakit belimbing memerlukan tindakan sanitasi kebun secara berkala dengan frekuensi minimal dua kali seminggu. Pemangkasan pemeliharaan harus dilakukan untuk menjaga agar sirkulasi udara di dalam kanopi tetap lancar dan sinar matahari dapat menembus setidaknya 30 sampai 40 persen bagian dalam tajuk pohon.
Selain sanitasi, tindakan fisik seperti pembungkusan buah belimbing saat berukuran 2 hingga 3 cm sangat efektif menekan infeksi patogen. Kombinasi antara tindakan mekanis, aplikasi agen hayati, dan perbaikan sistem drainase tanah akan memastikan tanaman belimbing tetap produktif dan menghasilkan buah berkualitas segar meski berada di puncak musim hujan.