Pemetikan sebaiknya dilakukan pada pagi hari antara pukul 06.00–09.00 WIB saat suhu masih sejuk dan kandungan minyak atsiri maksimal. Hindari memetik saat hujan atau setelah penyiraman karena bunga basah mudah rusak dan cepat layu. Gunakan tangan bersih atau gunting steril untuk memotong tangkai bunga tepat di pangkalnya. Jangan menarik atau merobek karena dapat merusak cabang dan mengurangi produksi bunga berikutnya.
Setelah dipetik, segera tempatkan bunga dalam wadah bersih yang dialasi kain lembab atau kertas tisu. Jangan menumpuk terlalu tebal agar sirkulasi udara tetap baik. Bunga cempaka segar dapat bertahan 1–2 hari pada suhu ruang. Untuk penyimpanan lebih lama, simpan dalam lemari pendingin pada suhu 5–10°C dengan kelembaban tinggi, namun hindari membekukan karena akan merusak tekstur dan aroma.
Frekuensi panen dapat dilakukan setiap 2–3 hari sekali selama masa berbunga. Pohon cempaka yang sehat dan terawat (umur di atas 3 tahun) dapat menghasilkan 50–100 kuntum per musim. Untuk menjaga produktivitas, lakukan pemupukan organik setiap 3 bulan dan pangkas cabang tidak produktif setelah panen raya. Jika bunga digunakan untuk minyak atsiri, panen saat bunga benar-benar mekar penuh (pukul 07.00–09.00) karena kandungan minyak tertinggi.