Penyakit bercak daun (Cercospora spp.) muncul sebagai bercak cokelat kehitaman dengan tepi kuning, sering pada musim hujan. Daerah dengan kelembaban tinggi, seperti Jawa dan Sumatera, lebih sering terkena. Embun jelaga (Capnodium spp.) ditandai lapisan hitam pada daun dan ranting akibat embun madu dari kutu daun atau kutu putih. Kanker batang (Fusarium spp.) menyebabkan luka mengeluarkan getah, kulit mengelupas, dan cabang mati. Busuk akar (Phytophthora spp.) menyebabkan daun layu permanen dan akar menghitam, terutama di tanah drainase buruk.
Pengendalian penyakit flamboyan dimulai dengan pemangkasan bagian terinfeksi pada musim kemarau, lalu dibakar. Jarak tanam diperlebar (minimal 5 m) untuk sirkulasi udara. Untuk bercak daun, semprotkan fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb setiap 7-10 hari saat gejala muncul, ikuti dosis pada label. Embun jelaga dikendalikan dengan mengatasi serangga vektor menggunakan insektisida nabati (misal ekstrak nimba) atau minyak neem. Kanker batang dipotong hingga jaringan sehat, lalu olesi fungisida tembaga. Busuk akar diperbaiki dengan memperbaiki drainase dan mengurangi penyiraman.
Pencegahan lebih baik daripada pengobatan. Tanam flamboyan di lokasi terkena sinar matahari penuh (minimal 6 jam/hari) dan tanah gembur pH 5,5-7,0. Pupuk kandang matang (2-3 kg/pohon saat musim hujan) meningkatkan ketahanan. Hindari pemangkasan berat saat musim hujan. Jika gejala parah (misal >50% daun gugur), segera konsultasi ke BPP setempat untuk diagnosis laboratorium. Jangan gunakan pestisida kimia sembarangan karena dapat merusak serangga penyerbuk.