Pemupukan dasar menjadi fondasi awal yang wajib dilakukan saat pengolahan tanah. Berikan kompos atau pupuk kandang sapi yang sudah matang sempurna sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar, atau sekitar 1 sampai 1,5 kg per meter persegi bedengan. Aplikasikan bahan organik ini 7 hingga 10 hari sebelum bibit kailan dipindahkan dari tempat persemaian agar mikroorganisme tanah dapat mendekomposisi hara secara optimal.
Memasuki fase vegetatif cepat pada umur 10 sampai 14 hari setelah tanam (HST), tanaman mulai membutuhkan pupuk susulan kaya nitrogen. Larutkan pupuk NPK seimbang atau pupuk makro nitrogen dalam air, lalu kocorkan ke sekitar pangkal tanaman setiap 7 hari sekali. Frekuensi pengocoran ini dilakukan sebanyak 3 hingga 4 kali hingga tanaman memasuki umur 30 HST untuk menstimulasi pembentukan daun dan pembesaran batang.
Pada musim hujan, ubah metode aplikasi pupuk susulan dengan cara menugal atau membenamkannya di samping barisan tanaman untuk mencegah pembilasan hara akibat curah hujan yang tinggi. Sebaliknya, saat musim kemarau, pengocoran dilakukan pada pagi hari sebelum jam 9 disertai penyiraman yang cukup agar tingkat kelembapan media tanam tetap terjaga sehingga akar kailan mampu menyerap nutrisi secara maksimal.